WGS a Metagenomika
Naše služba sekvenování celého genomu (Whole Genome Sequencing, WGS) využívá pokročilou technologii platformy Revio PacBio, čímž se nachází na přední linii genomického výzkumu.
Tato technologie poskytuje bezkonkurenční přesnost, sekvenování dlouhých řetězců DNA a komplexní pokrytí genomu. Služba je navržena pro širokou škálu aplikací, od lidské genomiky po komplexní výzkum rostlin a mikroorganismů.
Proč si vybrat nás?
- Odbornost: Léta zkušeností v oblasti genomiky a bioinformatiky.
- Přizpůsobená řešení: Navrhování projektů na míru pro různorodé výzkumné cíle.
- Pokročilá technologie: Nejmodernější systémy Revio PacBio pro vynikající kvalitu dat.
- Podpora od začátku do konce: Od návrhu experimentu až po analýzu dat jsme s vámi na každém kroku.
Klíčové vlastnosti Revio PacBio WGS:
Bezkonkurenční přesnost
- Technologie HiFi čtení poskytuje sekvenační výsledky s přesností vyšší než 99,9 %.
- Ideální pro řešení chyb v opakujících se a GC-bohatých oblastech.
Sekvenování dlouhých řetězců
- Průměrná délka čtení 15–20 kb nebo více.
- Umožňuje řešit strukturální variace a sestavovat genomy de novo.
Excelentní de novo sestavování
- Revio PacBio poskytuje vysoce kvalitní a souvislé sestavy genomů.
- Perfektní i pro velké, komplexní genomy a oblasti s vysokou repetitivností.
Účelná průchodnost
- Efektivní zpracování velkých projektů.
- Ideální pro populační studie a metagenomické analýzy.
Komplexní datové výsledky
Detailní sekvenační data pro různé oblasti:
-
- Genomové sestavování
- Analýzu strukturálních variací
- Epigenetiku (např. metylaci)
Aplikace WGS s technologií Revio PacBio:
Lidská genomika
Výhody: Detekce vzácných variant, strukturálních variací a rozšířených genomických oblastí.
Příklady využití: Studium dědičných onemocnění, genomika rakoviny, farmakogenomika.
Genomika rostlin
Výhody: Řešení složitých genomů s polyploidií a vysokou heterozygotností.
Příklady využití: Zlepšení plodin, objev vlastností, výzkum odolnosti vůči stresu.
Genomika zvířat
Výhody: Detekce strukturálních variací a vysoce kvalitní sestavy genomů hospodářských zvířat a volně žijících druhů.
Příklady využití: Šlechtění zvířat, konzervační genomika, zdravotnický výzkum.
Genomika mikroorganismů
Výhody: Kompletní sestavování genomu mikroorganismů a analýza diverzity.
Příklady využití: Charakterizace patogenů, typizace kmenů, studie antibiotické rezistence.
Metagenomika
Výhody: Vysoce rozlišující taxonomické profilování a funkční analýza smíšených mikrobiálních komunit.
Příklady využití: Výzkum mikrobiomu střeva, environmentální studie, průmyslová mikrobiologie.
De Novo sestavování
Výhody: Konstrukce vysoce souvislých genomů referenční kvality.
Příklady využití: Sestavování genomů nových druhů, vylepšení fragmentovaných sestav, evoluční studie.
Požadavky na kontrolu kvality DNA (QC):
Efektivní QC DNA je klíčová pro zajištění vysoce kvalitních sekvenačních dat. Níže je srovnání požadavků na QC DNA pro rostliny, zvířata, mikroorganismy a metagenomické projekty:
Rostliny
Požadované množství DNA: 5–10 µg
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Integrita: Velkomolekulární DNA (>20 kb); minimální degradace.
Klíčové výzvy: Vysoký obsah polysacharidů a fenolů.
Zvířata
Požadované množství DNA: 2–5 µg
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Integrita: Intaktní DNA; minimální fragmentace.
Klíčové výzvy: Variace specifické pro tkáně; některé tkáně mohou obsahovat degradovanou DNA.
Mikroorganismy
Požadované množství DNA: 1–2 µg
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Integrita: Velkomolekulární DNA (>15 kb) pro přesné sestavování.
Klíčové výzvy: Problémy s extrakcí u pevných buněčných stěn (např. grampozitivní bakterie).
Metagenomika
Požadované množství DNA: 5–10 ng (na organismus)
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Integrita: Rovnoměrné zastoupení DNA ze smíšených vzorků; vysoká integrita.
Klíčové výzvy: DNA s nízkou hojností, kontaminace hostitelskou DNA, zkreslení během extrakce.
De Novo sestavování
Požadované množství DNA: 5–20 µg (podle velikosti genomu)
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Integrita: Ultra- Velkomolekulární DNA (>50 kb preferováno).
Klíčové výzvy: Práce s velkými, komplexními genomy s opakujícími se oblastmi a vysokou heterozygotností.
De Novo sestavování genomu: Zlatý standard
De novo sestavování genomu rekonstruuje genom od základu bez spoléhání na referenční sekvenci. To je obzvláště kritické pro druhy bez existujících referenčních genomů nebo pro vylepšení fragmentovaných sestav.
Výhody de novo sestavování s Revio PacBio:
- Kontinuita: Generuje vysoce souvislé sestavy s minimem mezer.
- Rozlišení: Řeší komplexní oblasti, včetně opakujících se elementů, strukturálních variací a telomerických oblastí.
- Flexibilita: Vhodné pro genomy všech velikostí, od malých mikrobiálních genomů po velké polyploidní genomy rostlin.
- Epigenetický vhled: Zachycení epigenetických modifikací (např. metylace) přímo z nativní DNA.
Přehled pracovního postupu:
Příprava vzorku a QC
Hodnocení integrity, koncentrace a čistoty DNA pro zajištění optimálních výsledků sekvenování.
Konstrukce knihovny
Příprava vysoce kvalitních knihoven PacBio optimalizovaných pro HiFi sekvenování.
Sekvenování
Vysoká propustnost sekvenování na platformě Revio PacBio.
Analýza dat
Komplexní bioinformatický proces zahrnující:
- Sestavování genomu
- Detekci variant (SNPs, SVs)
- Funkční anotaci
- Profilování metagenomů (pro smíšené vzorky)
Začněte ještě dnes
Kontaktujte nás a zjistěte, jak naše služby WGS mohou posunout váš výzkum. Náš tým je připraven poskytnout řešení na míru, které splní vaše potřeby, ať už zkoumáte lidské choroby, pokročilou zemědělskou genomiku nebo mikrobiální diverzitu.
Gene Omics s.r.o.
Republikánská 1218/6, Lobzy, 312 00 Plzeň
IČ: 22273310
Kontakty
info@geneomics.eu
+420 725 137 589
