Sekvenování amplikonů
Naše služba sekvenování amplikonů využívá špičkovou platformu Revio PacBio a nabízí bezkonkurenční přesnost, schopnost dlouhého čtení a detailní rozlišení cílených oblastí DNA.
Tato služba je ideální pro aplikace, jako je detekce variant, studie mikrobiální diverzity a analýza komplexních genomových lokusů, a poskytuje vysoce kvalitní poznatky pro výzkumné i klinické aplikace.
Ať už studujete mikrobiální komunity, zkoumáte genetické varianty nebo analyzujete specifické genomové oblasti, naše služba sekvenování ampliconů s platformou Revio PacBio poskytuje spolehlivé a vysoce kvalitní výsledky. Kontaktujte nás ještě dnes pro konzultaci a individuální nabídku přizpůsobenou vašim výzkumným potřebám.
Klíčové vlastnosti sekvenování ampliconů na platformě Revio PacBio:
Vysoká přesnost díky HiFi čtením:
Přesnost >99,9 %, zajišťující spolehlivé výsledky sekvenování ampliconů i v náročných oblastech.
Schopnost dlouhého čtení:
Sekvenování ampliconů o délce až 10 kb nebo více, umožňující analýzu celých cílených oblastí bez nutnosti sestavení.
Škálovatelný výkon:
Zpracování stovek až tisíců ampliconů v jednom běhu, vhodné pro malé i velké studie.
Komplexní data:
Přesná detekce SNP, indelů, strukturálních variant a epigenetických modifikací.
Minimální zkreslení amplifikace:
Vysoce kvalitní příprava knihoven snižuje chyby způsobené PCR a zajišťuje rovnoměrné zastoupení ampliconů.
Aplikace sekvenování čistých cílových opakování
Lidská genomika
Výhody: Detekce vzácných variant, strukturálních variací a rozšířených genomických oblastí.
Příklady využití: Studium dědičných onemocnění, genomika rakoviny, farmakogenomika.
Genomika rostlin
Výhody: Řešení složitých genomů s polyploidií a vysokou heterozygotností.
Příklady využití: Zlepšení plodin, objev vlastností, výzkum odolnosti vůči stresu.
Genomika zvířat
Výhody: Detekce strukturálních variací a vysoce kvalitní sestavy genomů hospodářských zvířat a volně žijících druhů.
Příklady využití: Šlechtění zvířat, konzervační genomika, zdravotnický výzkum.
Genomika mikroorganismů
Výhody: Kompletní sestavování genomu mikroorganismů a analýza diverzity.
Příklady využití: Charakterizace patogenů, typizace kmenů, studie antibiotické rezistence.
Metagenomika
Výhody: Vysoce rozlišující taxonomické profilování a funkční analýza smíšených mikrobiálních komunit.
Příklady využití: Výzkum mikrobiomu střeva, environmentální studie, průmyslová mikrobiologie.
De Novo sestavování
Výhody: Konstrukce vysoce souvislých genomů referenční kvality.
Příklady využití: Sestavování genomů nových druhů, vylepšení fragmentovaných sestav, evoluční studie.
Požadavky na vstupní DNA
Kvalita a množství vstupní DNA jsou klíčové pro přesné sekvenování repetitivních oblastí. Níže uvedená tabulka shrnuje požadavky na vstupní DNA:
Krátké (<1 kb)
Množství DNA: ≥ 50 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené QC metriky: Jasný pruh na elektroforéze; bez rozmazání.
Poznámky: Ideální pro cílenou analýzu SNP nebo malých indelů.
Střední (1–5 kb)
Množství DNA: 100–200 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené QC metriky: DNA s vysokou molekulovou hmotností, minimální degradace.
Poznámky: Vhodné pro studie více genů nebo malých strukturálních variant.
Dlouhé (5–10 kb)
Množství DNA: 200–500 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené QC metriky: Preferována DNA s ultra vysokou integritou (>10 kb).
Poznámky: Nejlepší pro sekvenování plné délky 16S/18S/ITS nebo analýzu komplexních genových lokusů.
Velmi dlouhé (>10 kb)
Množství DNA: 500–1000 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené QC metriky: DNA s vysokou molekulovou hmotností bez fragmentace.
Poznámky: Náročné oblasti, velká opakování nebo hybridní studie ampliconů.
Výhody sekvenování amplikonů s Revio PacBio
Přesnost: HiFi čtení eliminuje chyby běžné u jiných sekvenačních technologií, což zajišťuje vysoce důvěryhodnou detekci variant.
Analýza plné délky: Schopnost dlouhého čtení umožňuje sekvenování celých amplikonů, detekce kompletních variant a strukturálních změn.
Nákladová efektivita: Škálovatelný průchod snižuje náklady na vzorek, což je ideální pro velké projekty.
Flexibilita: Vhodné pro širokou škálu aplikací, od mikrobiální diverzity po validaci genové editace.
Přehled pracovního postupu:
Příprava a kontrola kvality vzorku
Posouzení integrity, koncentrace a čistoty DNA pro zajištění vysoce kvalitních sekvenačních dat.
Návrh amplikonů
Pomoc s návrhem primerů a optimalizací pro specifické genomové oblasti zájmu.
Příprava knihoven
Vysoce přesná příprava knihoven optimalizovaná pro platformu Revio PacBio.
Sekvenování
Sekvenování s vysokým průchodem generuje HiFi čtení s bezkonkurenční přesností.
Analýza dat
Komplexní bioinformatické služby zahrnující:
- Volání genetických variant (SNP, indely, strukturální varianty)
- Taxonomické a fylogenetické profilování (pro mikrobiální studie)
- Funkční anotaci a interpretaci
Gene Omics s.r.o.
Republikánská 1218/6, Lobzy, 312 00 Plzeň
IČ: 22273310
Kontakty
info@geneomics.eu
+420 725 137 589
