Pure Target repeat Expansion
Naše služba sekvenování rozšíření čistých cílových repetitivních oblastí, využívající pokročilou platformu Revio PacBio, poskytuje nepřekonatelnou přesnost a rozlišení pro analýzu opakujících se oblastí DNA.
Tato moderní služba je ideální pro identifikaci, charakterizaci a kvantifikaci rozšíření opakování, která souvisejí s různými genetickými poruchami a dalšími genomickými rysy.
Sekvenování čistých cílových repetitivních oblastí poskytuje nejvyšší přesnost a rozlišení pro studium opakujících se oblastí DNA, umožňující průlomový výzkum v oblasti genetických poruch, rakoviny, epigenetiky a dalších. Kontaktujte nás ještě dnes pro diskusi o vašich projektových požadavcích, získání personalizované nabídky a prozkoumání možností, jak může naše platforma Revio PacBio urychlit vaše objevy.
Rádi vám poskytneme více podrobností, jako je případová studie konkrétních aplikací nebo další vhledy do technik obohacení!
Klíčové vlastnosti sekvenování čistých cílových opakování
Přesnost čtení HiFi:
Dosáhněte přesnosti >99,9 % díky čtení HiFi od PacBio, což zajišťuje přesnou charakterizaci opakování a jejich hranic.
Schopnost dlouhého čtení:
Snadno sekvenujte dlouhé a složité opakující se oblasti, včetně těch přesahujících 10 kb, bez nutnosti sestavení.
Přímá detekce repetitivních oblastí:
Detekujte a analyzujte opakování přímo, bez artefaktů způsobených PCR nebo technologiemi krátkých čtení.
Epigenetické vhledy:
Současně detekujte vzory metylace DNA v opakovaných oblastech, čímž získáte přehled o regulačních mechanismech.
Komplexní data:
Získejte podrobné informace o velikosti repetitivních oblastí, zygotnosti, variacích v sekvenci a okolních oblastech.
Aplikace sekvenování čistých cílových opakování:
Neurologické poruchy
Přínosy: Přesná charakterizace repetitivních oblastí způsobujících onemocnění.
Příklady využití: Huntingtonova choroba, syndrom Fragile X, myotonická dystrofie, ALS/FTD spojené s C9orf72.
Epigenetika
Přínosy: Analýza vzorů metylace v repetitivních oblastech.
Příklady využití: Zkoumání regulační role repetitivních oblastí v genové expresi.
Genomika rakoviny
Přínosy: Identifikace repetitivních oblastí spojených s tumorogenezí a genomovou nestabilitou.
Příklady využití: Studie mikrosatelitní nestability (MSI) a analýza somatických repetitivních oblastí.
Evoluční genomika
Přínosy: Studium variability repetitivních oblastí a jejich role v evoluci genomu.
Příklady využití: Srovnávací genomika repetitivních oblastí mezi druhy.
Cílované oblasti
Přínosy: Charakterizace specifických repetitivních oblastí pro vlastní výzkumné cíle.
Příklady využití: Vývoj nových diagnostik a porozumění fenotypům spojeným s repetitivními oblastmi.
Požadavky na vstupní DNA
Kvalita a množství vstupní DNA jsou klíčové pro přesné sekvenování repetitivních oblastí. Níže uvedená tabulka shrnuje požadavky na vstupní DNA:
Neurologické poruchy
Přínosy: Přesná charakterizace repetitivních oblastí způsobujících onemocnění.
Příklady využití: Huntingtonova choroba, syndrom Fragile X, myotonická dystrofie, ALS/FTD spojené s C9orf72.
Epigenetika
Přínosy: Analýza vzorů metylace v repetitivních oblastech.
Příklady využití: Zkoumání regulační role repetitivních oblastí v genové expresi.
Genomika rakoviny
Přínosy: Identifikace repetitivních oblastí spojených s tumorogenezí a genomovou nestabilitou.
Příklady využití: Studie mikrosatelitní nestability (MSI) a analýza somatických repetitivních oblastí.
Evoluční genomika
Přínosy: Studium variability repetitivních oblastí a jejich role v evoluci genomu.
Příklady využití: Srovnávací genomika repetitivních oblastí mezi druhy.
Cílované oblasti
Přínosy: Charakterizace specifických repetitivních oblastí pro vlastní výzkumné cíle.
Příklady využití: Vývoj nových diagnostik a porozumění fenotypům spojeným s repetitivními oblastmi.
Krátké (<1 kb)
Požadované množství DNA: ≥ 50 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené metriky QC: Jasný pás na elektroforéze; minimální šmouhy.
Poznámky: Vhodné pro menší lokusy nebo mikrosatelity.
Střední (1–5 kb)
Požadované množství DNA: 100–200 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené metriky QC: Vysoce molekulární DNA s minimální degradací.
Poznámky: Ideální pro analýzu většiny expanzí spojených s nemocemi.
Dlouhé (5–10 kb)
Požadované množství DNA: 200–500 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené metriky QC: DNA s ultra-vysokou molekulární hmotností (>10 kb).
Poznámky: Nejlepší pro dlouhá opakování, včetně těch spojených s C9orf72.
Velmi dlouhé (>10 kb)
Požadované množství DNA: 500–1000 ng
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené metriky QC: Intaktní DNA bez fragmentace.
Poznámky: Požadováno pro extrémně velké repetitivní oblasti.
Výhody sekvenování čistých cílových opakování s Revio PacBio
- Přímá analýza: Není nutná PCR amplifikace, což snižuje artefakty a zajišťuje přesné kvantifikace repetitivních oblastí.
- Komplexní přehled: Kompletní pohled na repetitivní oblasti, včetně variací v sekvenci a epigenetického kontextu.
- Flexibilita: Přizpůsobitelné obohacení pro cílení specifických lokusů nebo oblastí zájmu.
- Vysoká citlivost: Detekce repetitivních oblastí ve smíšených populacích nebo vzorcích s nízkým množstvím DNA.
Přehled pracovního postupu:
Příprava vzorků a QC
Posouzení koncentrace, čistoty a integrity vstupní DNA.
Obohacení cíle
Izolace specifických repetitivních oblastí pomocí přizpůsobených metod obohacení.
Příprava knihovny
Optimalizovaná příprava knihoven HiFi pro dlouhé a opakující se sekvence.
Sekvenování na Revio PacBio
Generování dlouhých a přesných čtení umožňujících přímou analýzu repetitivních oblastí.
Analýza dat
Analýza dat zahrnuje:
- Určení velikosti expanze opakování.
- Analýza zygotnosti (homozygotní vs. heterozygotní opakování).
- Profilování metylace v repetitivních oblastech.
- Detailní anotace okolních sekvencí a strukturálních variací.
Gene Omics s.r.o.
Republikánská 1218/6, Lobzy, 312 00 Plzeň
IČ: 22273310
Kontakty
info@geneomics.eu
+420 725 137 589
