MAS-Seq
Naše služba MAS-Seq (Multiplexed Amplicon Sequencing) RNA sekvenování spojuje sílu platformy Revio PacBio se specializovanými protokoly pro poskytování přesného sekvenování plných RNA molekul u multiplexovaných vzorků.
Tato služba je navržena k zachycení a analýze složitých transkriptomů efektivně, poskytující náhledy do rozmanitosti izoform, exprese genů a RNA modifikací.
MAS-Seq RNA sekvenování nabízí bezkonkurenční přesnost díky HiFi čtení, poskytující vysoce spolehlivá data pro širokou škálu výzkumných aplikací, od funkční genetiky po profilování transkriptomů v různých organismech.
Výhody MAS-Seq RNA sekvenování
• Bezkonkurenční přesnost: HiFi sekvenování zajišťuje vysokou spolehlivost při identifikaci a kvantifikaci transkriptů.
• Efektivní multiplexování: Analýza více vzorků v jednom běhu, což snižuje náklady a dobu obratu.
• Sekvenování plné délky: Zachyťte celé RNA molekuly pro komplexní transkriptomické náhledy.
• Flexibilní aplikace: Vhodné pro různé výzkumné oblasti, včetně funkční genetiky, epigenetiky a studií onemocnění.
• Komplexní podpora: Poskytujeme komplexní podporu od kontroly kvality vzorků až po pokročilou bioinformatiku.
Klíčové vlastnosti MAS-Seq RNA sekvenování
Sekvenování plných transkriptů:
Zachyťte celé RNA molekuly, které zachovávají jejich původní strukturu a sekvenci.
Vysoký průtok s multiplexováním:
Zpracovávejte více vzorků současně, aniž byste obětovali kvalitu dat.
HiFi přesnost:
Dosáhněte >99,9% přesnosti pro spolehlivou identifikaci a kvantifikaci izoform.
Nízké požadavky na vstup:
Vhodné pro projekty s omezenou dostupností RNA nebo náročnými typy vzorků.
Nákladově efektivní řešení:
Efektivní multiplexování snižuje náklady na vzorek při zachování vysoké kvality výsledků.
Aplikace MAS-Seq RNA sekvenování
Objev izoform
Výhody: Komplexní detekce splicingových izoform napříč multiplexovanými vzorky.
Příklady použití: Anotace nových izoform v rostlinách, zvířatech nebo mikrobech.
Profilování exprese genů
Výhody: Kvantitativní a kvalitativní náhledy na transkriptomy.
Příklady použití: Komparativní studie mezi podmínkami, tkáněmi nebo druhy.
Analýza alternativního splicingu
Výhody: Detekce a kvantifikace splicingových variant.
Příklady použití: Funkční studie alternativního splicingu v modelech onemocnění.
Epigenetika a modifikace
Výhody: Detekce RNA modifikací jako m6A, m5C a pseudouridin.
Příklady použití: Regulační studie RNA modifikací ve stresových odpovědích nebo vývojových procesech.
Funkční genomika
Výhody: Integrace transkriptomických dat do funkčních anotací.
Příklady použití: Studie genové ontologie a obohacení dráhy.
Požadavky na vstup RNA pro MAS-Seq RNA sekvenování
Pro optimální výsledky sekvenování musí kvalita a koncentrace RNA splňovat následující požadavky:
Krátké transkripty
Cílová délka transkriptu: <1 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 50 ng RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 7
Doporučené metriky QC: Jasné vrcholy na elektroforetogramu s minimálním degradováním.
Poznámky: Vhodné pro malé mRNA a nekódující RNA.
Střední transkripty
Cílová délka transkriptu: 1–5 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 100 ng RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 8
Doporučené metriky QC: Intaktní RNA s vysokým poměrem 28S/18S.
Poznámky: Ideální pro standardní transkriptomiku a studie exprese genů.
Dlouhé transkripty
Cílová délka transkriptu: >5 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 200 ng RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 8
Doporučené metriky QC: Preferována je molekulární RNA s vysokou hmotností.
Poznámky: Požadováno pro dlouhé nekódující RNA nebo rozšířené UTR oblasti.
Multiplexované vzorky
Cílová délka transkriptu: Různé
Požadované množství vstupu: ≥ 10 ng RNA/vzorek
Čistota (RIN): RIN ≥ 7
Doporučené metriky QC: Rovnoměrný vstup RNA pro každý vzorek v poolu.
Poznámky: Navrženo pro projekty vyžadující paralelní analýzu více vzorků.
Přehled pracovního postupu:
Příprava vzorku & QC
- Multiplexované vzorky jsou sloučeny v rovnoměrných poměrech pro zajištění vyváženého sekvenování.
Syntéza cDNA
- Reverzní transkripce RNA do plné délky cDNA s použitím optimalizovaných protokolů MAS-Seq.
Příprava knihovny
- HiFi knihovny jsou konstruovány s barcodingem pro multiplexovanou analýzu, čímž je zajištěna vysoká přesnost pro každý vzorek.
Sekvenování Revio PacBio
- Vysoce přesné dlouhé čtení zachycuje RNA molekuly v plné délce pro každý vzorek v poolu.
Analýza dat
- Analýza izoform: Komplexní identifikace a kvantifikace splicingových izoform.
- Profilování exprese genů: Diferenciální analýza exprese mezi vzorky.
- RNA modifikace: Detekce a anotace RNA modifikací.
- Funkční anotace: Integrace s databázemi genové ontologie a signálních drah.
Začněte s námi
Naše MAS-Seq RNA sekvenování poskytuje přesné, vysokoprůtokové transkriptomické náhledy s efektivitou multiplexování. Ať už studujete alternativní splicing, nové transkripty nebo RNA modifikace, naše platforma Revio PacBio je ideálním řešením pro váš výzkum. Kontaktujte nás ještě dnes, abyste se dozvěděli více, získali přizpůsobenou nabídku a zahájili svou cestu k převratným objevům.
Máte zájem o podrobnosti o bioinformatických pracovních postupech, příkladových studiích nebo dalších možnostech služeb?
Gene Omics s.r.o.
Republikánská 1218/6, Lobzy, 312 00 Plzeň
IČ: 22273310
Kontakty
info@geneomics.eu
+420 725 137 589
