Kinnex single-cell RNA
Naše služba sekvenování RNA jednotlivých buněk Kinnex využívá pokročilou platformu Revio PacBio, aby poskytla vysoce přesné RNA transkripty jednotlivých buněk v plné délce.
Tato špičková technologie nabízí nepřekonatelné poznatky o expresi genů, diverzitě izoform a RNA modifikacích na úrovni jednotlivých buněk. S technologií HiFi sekvenování umožňujeme výzkumníkům odhalit složitosti buněčné heterogenity a funkční genomiky s nepřekonatelnou přesností a hloubkou.
Výhody sekvenování RNA jednotlivých buněk Kinnex
- Vysoká přesnost: HiFi sekvenování zajišťuje spolehlivou detekci variant transkriptů, i u transkriptů s nízkou abundancí.
- Transkripty v plné délce: Analyzujte kompletní RNA molekuly, zachycující všechny izoformy, UTR a regulační elementy.
- Citlivost na úrovni jednotlivých buněk: Řešte heterogenitu a identifikujte vzácné typy nebo stavy buněk ve smíšených populacích.
- Škálovatelná propustnost: Zpracujte tisíce buněk v jednom experimentu pro velkorozměrové studie.
- Epigenetické poznatky: Detekujte RNA modifikace a sekundární struktury přímo s minimálním zkreslením.
Klíčové vlastnosti sekvenování RNA jednotlivých buněk Kinnex
Pokrytí RNA v plné délce:
Zachyťte kompletní transkripty, včetně izoform splicingu, nepřeložených oblastí (UTR) a polyadenylačních míst, bez fragmentace nebo sestavování.
HiFi přesnost:
Dosáhněte přesnosti >99,9 % pro spolehlivou detekci variant transkriptů a transkriptů s nízkou abundancí.
Přímá analýza RNA:
Minimalizujte zkreslení způsobené amplifikací a zachovejte původní RNA sekvenci a epigenetické modifikace.
Rozlišení na úrovni jednotlivých buněk:
Řešte buněčnou heterogenitu profilováním tisíců jednotlivých buněk v jednom experimentu.
Široké poznatky z transkriptomu:
Detekujte nové izoformy, fúze genů a alternativní splicingové události s vysokou citlivostí.
Aplikace sekvenování RNA jednotlivých buněk Kinnex
Buněčná heterogenita
Výhody: Identifikujte typy a stavy buněk v komplexních tkáních nebo populacích.
Příklady použití: Profilování nádorového mikroprostředí, charakterizace imunitních buněk a studie diferenciace kmenových buněk.
Alternativní splicing
Výhody: Detekujte a kvantifikujte izoformy splicingu na úrovni jednotlivých buněk.
Příklady použití: Funkční anotace genů a objev biomarkerů specifických pro izoformy.
Vývojová biologie
Výhody: Sledování liniových vztahů a genetických regulačních sítí v jednotlivých buňkách.
Příklady použití: Studie časného embryonálního vývoje a profilování genové exprese specifické pro tkáně.
Výzkum nemocí
Výhody: Objevujte transkriptomické změny spojené s nemocemi na úrovni jednotlivých buněk.
Příklady použití: Výzkum rakoviny, neurodegenerativních poruch a studií infekčních nemocí.
Validace genového editování
Výhody: Potvrďte výsledky na úrovni transkriptů po použití technologií CRISPR/Cas9 nebo jiných metod genového editování.
Příklady použití: Verifikace účinků na cílové a necílové sekvence na úrovni jednotlivých buněk.
Požadavky na RNA vstupy pro sekvenování RNA jednotlivých buněk Kinnex
Vysoce kvalitní RNA je nezbytná pro úspěšné sekvenování jednotlivých buněk. Následující tabulka shrnuje požadavky na vstupy na základě typu experimentu jednotlivých buněk a délky transkriptů:
Jednotlivé buňky
Délka transkriptu: 500 bp–5 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 50 buněk nebo ekvivalentní RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 7 (intaktní RNA)
Doporučené metriky QC: Intaktní RNA s minimálním degradováním.
Poznámky: Pro optimální výsledky je preferováno použití tříděných buněk, nebo RNA extrahovaného z jednotlivých buněk.
RNA s nízkou abundancí
Délka transkriptu: 500 bp–3 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 10 ng RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 7
Doporučené metriky QC: Jasné RNA vrcholy na elektroferogramu.
Poznámky: Vhodné pro vzácné buněčné populace nebo malé vzorky.
Dlouhé transkripty
Délka transkriptu: >5 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 100 ng RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 8
Doporučené metriky QC: RNA vysoké molekulární hmotnosti bez degradace.
Poznámky: Pro detekci dlouhých nekódujících RNA, strukturálních RNA nebo prodloužených UTR.
Sloučené buňky
Délka transkriptu: Variabilní
Požadované množství vstupu: ≥ 50–100 buněk nebo ≥ 50 ng RNA
Čistota (RIN): RIN ≥ 7
Doporučené metriky QC: Doporučuje se rovnoměrné rozložení buněk.
Poznámky: Ideální pro sekvenování bulk-like RNA jednotlivých buněk.
Přehled pracovního postupu:
Příprava vzorků a QC
- Extrakce RNA z tříděných buněk.
- Kontrola kvality za účelem zjištění, zda integrita a koncentrace RNA odpovídají požadavkům.
Syntéza cDNA
- Reverzní transkripce RNA do cDNA v plné délce pomocí specializovaných pracovních postupů pro jednotlivé buňky.
Příprava knihovny
- Konstrukce HiFi knihovny, optimalizované pro aplikace RNA sekvenace jednotlivých buněk, která zajišťuje přesné zastoupení transkriptů.
Sekvenování Revio PacBio
- Generování dlouhých, vysoce přesných čtení pro zachycení RNA molekul v plné délce z jednotlivých buněk.
Analýza dat
- Klasifikace a shlukování buněk.
- Detekce a kvantifikace izoform.
- Analýza alternativního splicingu a fúzí genů.
- Funkční anotace a analýza drah.
Začněte s námi
Naše služba sekvenování RNA jednotlivých buněk Kinnex poskytuje výzkumníkům komplexní, vysoce rozlišené poznatky o expresi genů a komplexnosti transkriptomu na úrovni jednotlivých buněk. Kontaktujte nás ještě dnes, abyste prodiskutovali cíle vašeho projektu a zjistili, jak může platforma Revio PacBio vylepšit váš výzkum. Spojte se s námi, abychom odhalili tajemství buněčné diverzity a regulace genů!
Gene Omics s.r.o.
Republikánská 1218/6, Lobzy, 312 00 Plzeň
IČ: 22273310
Kontakty
info@geneomics.eu
+420 725 137 589
