Kinnex 16S&RNA Sekvenování amplikonů
Naše služba sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů, založená na pokročilé platformě Revio PacBio, nabízí nepřekonatelnou přesnost a schopnost dlouhých čtení pro analýzu mikrobiální diverzity a studie RNA.
Kinnex 16S a RNA amplikony Naše služba sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů, založená na pokročilé platformě Revio PacBio, nabízí nepřekonatelnou přesnost a schopnost dlouhých čtení pro analýzu mikrobiální diverzity a studie RNA. Díky technologii HiFi sekvenování je tato služba optimalizována pro profilování plné délky genů 16S rRNA, analýzu ITS a sekvenování RNA amplikonů, což poskytuje vhled do taxonomie, funkčního potenciálu a exprese genů s bezkonkurenční přesností.
Výhody sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů
- Přesnost: HiFi čtení poskytují špičkovou přesnost pro taxonomické a funkční profilování.
- Sekvenování v plné délce: Analyzujte celé geny 16S rRNA nebo ITS a RNA transkripty, zachycující všechny varianty a izoformy.
- Široké aplikace: Vhodné pro analýzu mikrobiálních společenstev, výzkum RNA a další.
- Flexibilní možnosti: Přizpůsobte cíle amplikonů a experimentální design podle potřeb vašeho výzkumu.
- Komplexní podpora: Poskytujeme komplexní podporu od kontroly kvality vzorků až po pokročilou bioinformatiku.
Klíčové vlastnosti sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů
HiFi přesnost čtení:
Dosáhněte přesnosti >99,9 %, což zajišťuje přesnou taxonomickou klasifikaci a identifikaci variant.
Pokrytí plné délky amplikonů:
Sekvenujte celé geny 16S rRNA, ITS oblasti nebo RNA amplikony až do 10 kb, čímž se eliminuje potřeba sestavování.
Škálovatelnost propustnosti:
Zpracujte stovky až tisíce amplikonů v jednom běhu, což umožňuje analýzu vysokého rozlišení pro komplexní společenstva.
Nezaujatá analýza RNA:
Přesně kvantifikujte RNA varianty, izoformy splicingu nebo jiné transkripty bez amplifikačních artefaktů.
Komplexní výstupy dat:
Taxonomická klasifikace, indexy diverzity a funkční anotace pro mikrobiální studie nebo profilování RNA.
Aplikace sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů
Mikrobiální diverzita
Výhody: Profilování taxonomie a analýza diverzity s využitím genů 16S nebo ITS v plné délce.
Příklady použití: Analýza střevní mikrobioty, půdní a environmentální studie, průmyslová mikrobiologie.
Identifikace patogenů
Výhody: Přesná identifikace a profilování patogenních mikroorganismů.
Příklady použití: Klinická diagnostika, bezpečnost potravin, epidemiologické studie.
Funkční genomika
Výhody: Sekvenování RNA amplikonů v plné délce pro detekci variant splicingu a izoform.
Příklady použití: Transkriptomické profilování eukaryot nebo mikrobiálních společenstev.
Zemědělská genomika
Výhody: Analýza mikrobiálních společenstev v půdě, rostlinách a hospodářských zvířatech.
Příklady použití: Zlepšení plodin, monitorování zdraví půdy, výzkum mikrobiomu zvířat.
Průmyslové aplikace
Výhody: Charakterizace mikrobiálních konsorcií pro bioprocesy.
Příklady použití: Výroba biopaliv, čištění odpadních vod, studium fermentace.
Požadavky na vstupy DNA a RNA pro sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů
Správná příprava vzorků zajišťuje kvalitní výsledky sekvenování. Tabulka níže shrnuje požadavky na vstupy pro sekvenování DNA a RNA amplikonů na základě délky amplikonů:
16S rRNA
Délka amplikonu: 1–2 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 50 ng DNA
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené metriky QC: Jasný pruh na gelu; minimální rozmazání.
Poznámky: Sekvenování 16S rRNA v plné délce umožňuje detailní taxonomické profilování.
ITS oblasti
Délka amplikonu: 200 bp–1 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 50 ng DNA
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0
Doporučené metriky QC: Preferována DNA vysoké molekulární hmotnosti.
Poznámky: Ideální pro studie diverzity hub a fylogenetické studie.
RNA amplikony
Délka amplikonu: 500 bp–5 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 100 ng RNA (cDNA)
Čistota (A260/A280): 1,8–2,1 (RNA)
Doporučené metriky QC: Intaktní RNA s RIN > 7 preferována.
Poznámky: Optimalizováno pro sekvenování transkriptů v plné délce, včetně izoform splicingu.
Dlouhé amplikony
Délka amplikonu: 5–10 kb
Požadované množství vstupu: ≥ 200 ng DNA nebo RNA
Čistota (A260/A280): 1,8–2,0 (DNA), 1,8–2,1 (RNA)
Doporučené metriky QC: Požadována intaktní, vysokomolekulární DNA/RNA.
Poznámky: Nejlepší pro analýzu komplexních mikrobiálních společenstev nebo dlouhých RNA izoform.
Přehled pracovního postupu:
Příprava vzorků a QC
- Vzorky DNA a RNA jsou hodnoceny z hlediska koncentrace, čistoty a integrity.
- Vysoce kvalitní RNA je přepsána na cDNA pro sekvenování.
Návrh amplikonů a obohacení
- Jsou navrhovány vlastní primery pro geny 16S rRNA, ITS nebo RNA v oblasti zájmu.
- Obohacovací kroky zajišťují specifickou a nezaujatou amplifikaci cílových oblastí.
Příprava knihovny
- Příprava HiFi knihovny, optimalizovaná pro sekvenování dlouhých čtení, minimalizuje chyby a zkreslení.
Sekvenování
- Platforma Revio PacBio generuje vysoce přesná dlouhá čtení pokrývající celé amplikony.
Analýza dat
- Analýza 16S/ITS: Taxonomická klasifikace, alfa/beta diverzity, a funkční predikce.
- Analýza RNA amplikonů: Kvantifikace transkriptů, detekce izoform splicingu a analýza variant.
Začněte s námi
Naše služba sekvenování Kinnex 16S a RNA amplikonů umožňuje průlomový výzkum v mikrobiální ekologii, funkční genomice a biologii RNA. Kontaktujte nás ještě dnes, abychom probrali požadavky vašeho projektu a poskytli vám individuální konzultaci. Pomůžeme vám odemknout plný potenciál platformy Revio PacBio pro vaše sekvenační potřeby!
Gene Omics s.r.o.
Republikánská 1218/6, Lobzy, 312 00 Plzeň
IČ: 22273310
Kontakty
info@geneomics.eu
+420 725 137 589
